Nakata memulakan karier professionalnya ketika berumur 18 pada tahun 1995, bersama pasukan Liga J., Bellmare Hiratsuka (sekarang Shonan Bellmare). Selepas Piala Dunia 1998 di Perancis, Nakata ditandatangani oleh kelab Serie A, A.C. Perugia dengan yuran 4J AS$,[3] menjadikannya pemain Jepun kedua untuk beraksi dalam liga tertinggi Itali selepas Kazu Miura beraksi bersama Genoa empat tahun lebih awal. Semasa musim pertamanya di Itali, Nakata menjaringkan 10 gol, tertinggi untuk dirinya dalam semusim.

Roma

Pada bulan Januari 2000, selepas satu setengah musim di Perugia, Nakata berpindah ke Roma dengan nilai 42 Bilion ITL (€21.691 juta)[4] membantu kelab itu memenangi scudetto. Kemuncak kerjaya Nakata di Roma datang pada 6 Mei 2001 ketika perlawanan Serie A menentang Juventus di Stadio Delle Alpi. Selepas menggantikan Francesco Totti ketika separuh masa kedua dengan Roma ketinggalan 0–2, Nakata menjaringkan gol dari jarak 30-ela melepasi jangkauan penjaga gol Juventus Edwin van der Sar, dengan perlawanan berbaki 11 minit. Nakata kemudiannya membantu Roma mengikat kedudukan dengan Vincenzo Montella menjaringkan gol untuk Roma pada minit akhir. Perlawanan berakhir dengan keputusan seri 2–2 dan Roma mengekalkan kelebihan enam mata di puncak liga.[5]

Tahun-tahun kemudian (2001–2006)

Ketika musim panas tahun 2001, Nakata menyerti Parma[6] dengan nilai 55 bilion lire (€28.4 juta)[7][8] dimana beliau bermain dua musim setengah.

Pada bulan Januari 2004, Nakata menyertai Bologna dimana dia bermain untuk baki musim 2003–04 sebelum berpindah ke Fiorentina, dimana dia bermain untuk musim berikutnya. Pada bulan Ogos 2005, Nakata berpindah ke kelab Liga Perdana, Bolton Wanderers secara pinjaman. Ketika musimnnya di Bolton, dimana merupakan musim terakhir karier professionalnya, beliau menjaringkan gol sekali dalam liga, ketika kemenangan 2–0 ke atas West Bromwich Albion.[9]